屏東孔子廟已有180多年的歷史，原為
屏東書院，是
屏東縣境內唯一的書院建築。清嘉慶二十年（西元1815年）12月完工，但由於經費不足，僅初步完成建築結構，沒有彩繪油漆，後來再經過勸募才完成應有規模。光緒二十一年（西元1895年），日本治臺後，將
屏東書院改為孔廟，奉祀孔子，配祀顏子、曾子、思子、孟子四大賢人，及周子、二程、張子、朱子五大儒，但因缺乏經費管理，日漸荒廢。
1937年日人為執行都市計畫，將孔廟從現今的中山公園內，依原樣拆遷至勝利路現址。光復後雖有幾次修護，但經費不足因陋就簡，直到民國66年縣長柯文福委託建築師漢寶德教授主持修復研究工作，民國68年終於恢復舊觀。廟內現保存四座碑記，分別是
屏東書院章程碑記、
屏東書院租條碑記、東山書院改築紀念碑、重修孔廟碑記，並於民國74年列為國家三級古蹟。