【大眾交通建議】
臺鐵：至臺南站下→轉搭臺南市公車(2路、88路)→觀光魚市場站下。
※七股園區
臺鐵：臺南站下→轉搭興南客運(往佳里)→佳里站下→轉搭興南客運(往青鯤鯓)→七股站下。
※四草園區
1.臺鐵：臺南站下→轉搭臺南市公車(2路、10路)→四草站下。
2.臺鐵：臺南站下→轉搭臺南市公車(99路)→四草生態文化園區站下。
【自行開車】
國道1號：永康交流道下→中正北路→中正南路→小北路→西門路四段至二段→民生路二段→安平路→安北路→大平路→城平路。
※七股園區
1.國道1號：麻豆交流道下→縣道176線→省道臺17線→縣道173線。
2.國道8號：臺南端交流道下→台江大道→安明路四段→國姓大橋→縣道173線。
※四草園區
1.國道1號：永康交流道下→中正北路→中正南路→中央路→中華北路二段→大港觀海橋→安明路二段→本田路二段→四草大道。
2.國道8號：臺南端交流道下→台江大道→安明路四段至三段→本田路二段→四草大道。