鹿耳門天后宮建築特色：依照古制，巍峨壯觀，莊嚴肅穆。廟內供奉的『鹿耳門媽』，面容慈祥莊嚴，刻工精美，以大陸稀有的千年萱芝木材－－紫檀木所雕刻成。

【備註】
鹿耳門天后宮與臺南正統鹿耳門聖母廟目前兩方對於正統「開基媽」下落仍有著爭議，最一開始鄭成功所搭蓋的媽祖宮有著鹿耳門天后宮、鹿耳門聖母廟等稱呼，但在經洪水天災後，目前位於臺南安南區土城的「正統鹿耳門聖母廟」與顯宮附近的「鹿耳門天后宮」皆主張是該廟的繼承者。兩廟對於「鹿耳門媽」（開基媽）的下落說法不同，土城正統鹿耳門聖母廟主張鹿耳門媽寄祀在海安宮，後於日大正七年（1918年）被迎回，而顯宮的鹿耳門天后宮則主張鹿耳門媽（開基媽）是被供奉在當地民居，由值班爐主祭祀，現存於該廟之中。

目前兩間祀奉媽祖的廟宇皆為當地的信仰中心，不論平假日皆香火鼎盛，對宗教信仰與傳統建築特色有興趣的旅人可前往朝聖。