紅瓦厝為歸仁地區舊地名，地名的由來有二說，其一為彰泉移民來到此地開墾居住，所居住的房子屋頂多蓋紅瓦而得此名，其二為早年此地陳李兩姓設有瓦窯，銷售
台南府城，居民也多件紅磚紅瓦之厝故名為紅瓦厝。
雖紅瓦厝為歸仁區舊名，但因能夠融入當地民眾的生活經驗，喚起許多人的共同記憶，因此與地方人士座談後取紅瓦厝為學校名稱。
因近年在地文化意識抬頭，學校將社區資源與在地特色融入課程中，讓學生了解在地環境與文化歷史，因此紅瓦厝國小不只是一所新學校，更負有傳承的使命，在校園建築規畫上，融合傳統與創新，是一座無圍牆的校園，內部遍直綠樹與大片草原，加上充滿特色的校園裝置藝術，讓學校像是公園般的美麗。