公車：
1.由機場搭公車前往澎湖水族館，須先由機場搭尖山線或湖西鄉公車至馬公總站。再由馬公總站轉搭西嶼、白沙線至澎湖水族館。
2.由馬公前往澎湖水族館，可直接至公車站搭乘西嶼、白沙線至澎湖水族館。相關公車時刻，可洽詢澎湖縣公共車船管理處，洽詢電話06-9272376
租車：馬公市區可租用機車或汽車，但因市區岔路多，路況不熟，宜小心駕駛。車行可代請司機，九人座全島旅遊收費3500元，半島遊收費2500左右。
機車：每日租約金約350-400元
汽車：每日租金約1300元以上
九人座箱型車：每日租金約1800元以上
計程車：直接由機場叫車至澎湖水族館花費約為450元，計程車工會電話06-9276742